Dopo aver ottenuto la Parifica, la Scuola è riconosciuta Paritaria: il 10 gennaio 2002 la scuola Primaria con protocollo 370 e il 25 gennaio 2002 la scuola dell’Infanzia con protocollo 997. 

Nel 2004 si è festeggiato il cinquantesimo della scuola con il motto: “Ricordiamo il passato per progettare il futuro“.

Dal 31 agosto 2006, la Comunità delle Suore non è più presente, lasciando una eredità spirituale e uno stile educativo impresso nei cuori e nella consolidata tradizione salesiana costruita negli anni di gestione della Scuola Parrocchiale. Il parroco don Costanzo Belotti scelse di continuare il cammino iniziato dalle suore del Cottolengo e proseguito dalle suore salesiane, proponendo di dare continuità a questa preziosa realtà educativa con una gestione diretta della Parrocchia.

La scuola fu affidata a Ivo Volontieri.

Il prevosto conosceva molto bene Ivo perchè era stato prete del suo Oratorio a Pregnana milanese. Lo aveva accompagnato nel cammino di fede e lo aveva avviato al servizio ecclesiale.
In questi anni Ivo ha avvertito la necessità di custodire la storia e il patrimonio educativo della scuola, cercando anche di rispondere alle sfide nuove che si presentavano.

Con la gestione diretta della Parrocchia si impegnarono nella scuola nell'insegnamento della religione cattolica i vicari parrocchiali Don Filippo Dotti, don Gabriele Giorgietti e don Andrea Plumari.

Dal 2020 il nuovo Prevosto don Giovanni Pauciullo ha affidato la scuola alla direzione di Mirko Mara, che da subito ha dovuto affrontare le grandi difficoltà legate all'emergenza sanitaria. 

Il 31 gennaio 2021 è nata l'Associazione a sostegno della scuola Amici aps, ente iscritto al RUNTS, creata con l'obiettivo di sostenere la presenza e le attività della Scuola Maria Immacolata. 

Nel 2022 è nata la sezione Primavera per i bambini che compiono 2 anni entro il 31 dicembre dell'anno scolastico di riferimento.

Da settembre 2025 aprirà la Sezione distaccata della Scuola dell'Infanzia presso Piazza Belloveso 6, in continuità con la storia centenaria della Scuola parrocchiale Paolo Santagostino.